后世里最有名的东印度公司有两家，英国（大不列颠）东印度公司与荷兰（联合）东印度公司。两家成立的年代前后脚，英国东印度公司稍早，成立于1600年。荷兰东印度公司稍晚，成立于1602年。

目的也差不多，最初都是为了开辟海上贸易航线，占据更多的香料产地，获得更多利润。但在组织结构和运作方面，虽然都有各自国家政府的授权与参股，却有着明显的差异。

英国东印度公司更像是后世的上市公司，股东每投入500英镑就获得一票投票权。每年4月公司召开股东大会，投票选举24名董事组成董事会，由董事会选出总裁和副总裁。

荷兰东印度公司则是个纯粹的非上市私营公司，不发行股票也没有固定的总部。它由阿姆斯特丹、泽兰、霍伦、恩克赫伊曾、代尔夫特和鹿特丹六座城市里的商会联合组成，各地商会自行选派董事管理公司，共计60名。

这些董事是终身制的，阿姆斯特丹20个名额、泽兰12个、其它四座城市各7个。在日常经营活动中，再从这60名董事中选择17名组成董事会进行具体决策，称为17人会议，董事会每年不定期召开。

而六座城市的商会就是公司的六个分部，由各自分部的董事负责，只有设在海牙的通信事务局是由17人会议直接领导的。

在1610年，荷兰东印度公司又增加了印度事务局和委员会，总部设立在雅加达，后来改名为巴达维亚。印度事务局与之前的六个分部是平级，直接听命于17人会议。

万一公司出现了亏损，就要从60名董事的出资中扣除，扣完为止。每位董事最少出资6000荷兰盾，荷兰政府通过授权入股，折合荷兰盾。

授权总共有五项内容：第一、可以发动对其它国家的战争；第二、可以抓捕拘禁审判犯人；第三、可以代表荷兰政府与其它国家政府进行谈判；第四、货币发行权；第五、建立殖民地和军事要塞并拥有武装。

由此看来，科恩在亚洲基本就等于东印度公司和荷兰政府的代理人，既可以发动战争又能建立殖民地、设立法庭、组建军队，除了每年要给17人会议交几份报告之外，独断专行的权力极大。

但本想用手中权力大干一番的科恩近来有些麻烦，烦恼来自北方的大明。荷兰东印度公司和联省共和国的敌人，西班牙王国的殖民地菲律宾，突然间被大明皇帝派遣海军攻占。

随着时间的推移，有关马尼拉战役的细节慢慢从来巴达维亚贸易的葡萄牙海商和华商口中汇集得越来越多，逐渐勾勒出了一副比较清晰的画面。