可是之后两地却是为了谁为主的事情闹得不可开交。

最后经过大小规模的战争，才解决了这个问题，那就是分开建国。

1824年，大哥伦比亚共和国和秘鲁联军打败了西班牙殖民军，，秘鲁获得独立，玻利瓦尔率军在秘鲁作战期间，桑坦德尔代替他执行总统职务，主持大哥伦比亚共和国的政务。

桑坦德尔主张建立联邦制的政权，并联合地方势力反对玻利瓦尔团结统一的政治主张。

大哥伦比亚国会和政府顿时内部为此展开了派别争斗日益尖锐。

1826年4月，以派斯为首的委内瑞拉地方执政者及反对以桑坦德尔为首的新格拉纳达执政者，要求单独建立国家。

经玻利瓦尔调解，分裂活动才得以暂时被制止。党内部矛盾和派别斗争依然存在，甚至越滚越大。

1828南5月8日，大哥伦比亚国民代表大会在奥卡尼亚召开，以玻利瓦尔首位的中央集-权派同以桑塔德尔为首的联邦派在会议上发生尖锐冲突，之后，各地方的分裂倾向更是明显加速了了。

1829年11月

1830年，欧洲的比利时地区在英国的支持下开始被强行从荷兰王国分裂出去建国。

但是这一天在拉丁美洲上，也上演着这一幕，玻利瓦尔在大哥伦比亚共和国国会上辞去总统职务，以期消除分歧，继续维护国家的统一，但是无济于事。

3月，委内瑞拉地区宣布退出大哥伦比亚共和国，成立委内瑞拉共和国。

那一年的5月31日，基多地区宣布退出大哥伦布比亚共和国，成立厄瓜多尔共和国。

12月玻利瓦尔去世，随后大哥伦比亚共和国解体。