右中郎将朱儁先到，与黄巾军波才部作战，失败，皇甫嵩退守长社。

面对波才的围困，趁夜纵火出击，使黄巾军惊乱后撤。

此时，曹操率军赶来，联合皇甫嵩、朱儁大破黄巾军，斩首数万级。

不久后，曹操调任济南国国相，在任内治事如初。

济南国有县十余个，各县长吏多依附贵势，贪赃枉法，无所顾忌，曹操之前历任国相皆置之不问。

曹操到职，大力整饬，一下奏免十分之八的长吏，济南震动，贪官污吏纷纷逃窜。

“政教大行，一郡清平”，而当时正是东汉政治极度黑暗之时。

朝廷征还曹操为东郡太守，拜为议郎。

曹操不肯迎合权贵，遂托病回归乡里，春夏读书，秋冬弋猎，暂时隐居了。

当时天下纷乱，发生了冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强，谋划废黜灵帝立合肥侯的事件。

王芬等人曾希望曹操加入他们，但被曹操拒绝。

曹操在推辞的理由中说：“废立皇帝是天下最不祥的事了。古时有衡量轻重、计算成败而后施行的人，伊尹、霍光便是如此。这两个人都怀着至忠的诚心，以宰相的地位，凭借执政大权，加上同众人的愿望一致，故此能实现计划，成就大事。如今，各位只看到他们当初的轻而易举，而没有看到现在的困难。用这种非常的手段，想一定达到目的，难道不觉得危险吗？”

后来，王芬果然事败自杀。

又有西北金城郡的边章、韩遂杀死刺史和太守，率兵十余万反叛朝廷，天下为之骚动。

中平五年（188年）八月，汉灵帝为巩固统治，设置西园八校尉，曹操因其家世而被任命为八校尉中的典军校尉。

中平六年（189年），汉灵帝驾崩，太子刘辩登基，何太后临朝听政。

大将军何进想趁灵帝驾崩、宦官失势之机诛灭十常侍，但没有取得何太后的支持。

于是，何进采纳袁绍的建议，不听陈琳的劝谏，便征召停留在河东郡的边将董卓率其部众进京，以便于胁迫何太后同意诛杀宦官。

曹操得知后笑道：“阉竖之官，自古至今都有，只是世主不应该把权力交给他们，使他们达到这种程度。既然要治他们的罪，那么只需要诛杀元凶，派一个狱吏就足够了，何必纷纷召外地将领入京？如果要对宦官赶尽杀绝，事情必定会泄露出去，我已经料到他会失败了。”

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董卓尚未抵达京城，何进已被宦官下手谋杀。

同年九月，董卓入京，执掌朝政，把汉少帝废为弘农王，而改立其弟陈留王刘协，即汉献帝。

又派人把弘农王母子毒死，自称太师，专擅朝政。

曹操见董卓倒行逆施，不愿与其合作，遂改易姓名逃出洛阳。