魏军为防止晋军于黄河北岸登陆向魏进击，也以数千骑兵沿黄河北岸跟随刘裕军西行。

期间，凡漂流至北岸的晋军人员，均被魏军擒杀。

刘裕数次派兵上岸攻击魏，可刚一登岸，魏军便逃离岸边。

为了击败魏军的袭扰，刘裕命令数千勇士和车百乘，由丁旿和宁朔将军—朱超石率领，携带强弓利箭，登上黄河北岸，列阵而进。

魏军立即前来进攻，魏将长孙嵩率骑兵三万四面围攻晋军。

晋军拼力死战，魏军被利箭射杀者甚众，死尸堆积遍地，魏将阿薄干被斩，魏兵败退。

朱超石率宁朔将军—胡藩、宁远将军—刘荣祖追杀，又斩俘一千多人。

四月中旬，刘裕进至洛阳，为防止魏军的袭击，在洛阳停军两个月，部署后方的防卫。

七月，刘裕全面击退魏军，十万魏军几乎全军覆没，河南全境被收复，刘裕随后进至陕城。

另一边，前锋沈田子攻入武关，进屯青泥。

八月，刘裕至潼关，与诸部会合。

秦主姚泓为缓解两面受敌的危局，谋划先消灭沈田子军，再抵御刘裕，于是率步骑数万急趋青泥。

沈田子军本为疑军，不过千余人，但各自为战，骁勇异常，数次出击竟使姚泓败还长安。

此时，王镇恶突破潼关防线，率师直进，一举攻陷长安城，姚泓率群臣投降。

至此，后秦便宣告灭亡。

总的来看，刘裕的两次北伐既抵抗了北方少数民族政权对南方的侵扰，又保护了南方人民的生命和财产安全，保证了江南经济开发不被破坏。

同时，北伐又扩大了晋朝的领土，东晋也因此成为晋和南朝中领土最大的政权，北伐也为晋朝引入了新的政治力量，这些又为晋朝抵抗北魏提供了条件。

只有等北方民族融合完成，统一条件成熟后，南北才又归于统一。

因此，刘裕北伐建立的功勋也受到了后来史家的赞扬。

王夫之说：“宋武兴，东灭慕容超，西灭姚泓，拓跋嗣、赫连勃勃敛迹而穴处。自刘渊称乱以来，祖逖、庾翼、桓温、谢安经营百年而无能及此。后乎此者，二萧、陈氏无尺土之展，而浸以削亡。然则永嘉以降，仅延中国生人之气者，唯刘氏耳。”