黄子澄、齐泰，作为建文帝削藩的主要策划者，被朱棣抓捕。朱棣对他们二人恨之入骨，将他们处以极刑还不解恨，并将其家人尤其是家中的女眷都送入军营为娼，而且世代不得赦免。

铁铉，在朱棣攻打济南时，坚守城池，让朱棣吃尽苦头。朱棣攻入南京后，将铁铉逮捕。铁铉在朝堂上大骂朱棣，朱棣命人割掉他的耳朵、鼻子，煮熟后逼他吃下。铁铉仍不屈服，最终被处死。

此外，还有练子宁、?茅大芳、?周璿、?景清、?卓敬、郭任、?卢迥、陈迪、黄魁、黄观、暴昭、侯泰等等几十人都遭到了朱棣的屠杀。这些建文忠臣及其家属的悲惨遭遇，成为了明朝初期一段令人痛心的历史。朱棣通过血腥手段，清除了反对自己的势力，确立了自己的统治地位。

时隔二百年，在张居正的推动下，万历皇帝正式颁布诏书，正式宣布这些建文死难忠臣不再是明初官方所宣称的“奸臣”，而是“被罪”的忠臣。尽管这份诏书是由明神宗下达的，但考虑到他当时年纪尚小，实际上这一决定更多地反映了张居正以及其他儒臣们的意志和观点。】

“可惜啊，张先生做得这么好，但李自成一进北京城，成祖爷当年的举动的后果就都显示出来了，没有一个忠臣出来，难道这就是燕王一脉当年在南京杀害建文忠臣的报应吗？”万历四十六年的万历皇帝看着眼前的天幕，心中无奈地叹息着。

他想起了张居正，那个曾经让大明王朝焕发出勃勃生机的人。然而，如今这一切似乎都化为了泡影。李自成的军队轻易地攻破了北京城，而那些曾经忠诚于大明的臣子们却一个个选择了沉默或者背叛。

嘉靖皇帝不禁感慨万千，他觉得这或许就是燕王一脉当年在南京杀害建文忠臣的报应。成祖朱棣以靖难之役夺取皇位后，其行为变得疯狂且残忍。他大肆杀戮建文忠臣，使得整个朝廷陷入了恐惧和混乱之中。这种残酷的手段让大明的臣子们心生胆寒，即使到了后来的几代皇帝，也无法消除这种阴影。而当李自成进城时，在没有忠心耿耿的臣子们站出来了，这无疑是对燕王一脉的最大讽刺。

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“神宗？那个不孝的子孙竟然给朕起了这么个庙号！到底是谁干的好事？是常洛还是由校？”万历皇帝突然看到了这个不太好听的庙号，顿时愤怒地吼道。这个庙号比起之前说的那句“明实亡于万历”更令他无法接受。想到这里，万历皇帝不禁陷入沉思。常洛虽然只在位短短三十天，但这段时间足够处理他的葬礼事宜。难道是这个太子对自己心怀怨恨，所以才会给他取这么一个庙号来报复吗？

万历皇帝越想越气，心中原本已经熄灭的更换太子的念头再次燃起。他开始怀疑常洛是否真的适合继承皇位，如果不换人，未来可能还会有更多的麻烦。既然常洵的后代命中注定要为南明皇帝，那么为什么不能提前为大明皇帝呢，万一能够改变大明王朝的走势呢。

【在农民军与八旗铁骑的内外夹攻之下，大明王朝已经难以支撑下去。到了崇祯十七年五月的时候，继承福王位置的朱由崧得到了马士英等大臣的支持和拥护，在南京正式宣布监国，并很快登基称帝，定年号为弘光，试图重建明朝。这一时期的明朝被称为"南明"。