在林枫失踪后不久，神使以卯兔为质，从青龙手中换到了靛蓝色宝珠和朱红色宝珠，并从华国布置的重重陷阱中成功逃离。

青龙、白虎、玄武三人得知丑牛身死，为了击杀神使、拿回宝珠，三人追逐神使长达一个月之久，之后神使被再次出现的“麒麟”现场击毙。

伪装成麒麟的陈飞将神使身上的宝珠交还给青龙，并编造故事骗取了青龙三人的信任，一同返回联盟。

麒麟凭借着大师级后期的实力，镇压了华国境内以及四周边境的野生宝可梦，一时间，他在华国的威望达到顶峰。

同时，在麒麟的指挥下，联盟的高阶训练家找齐了最后剩余的几块石板，并在麒麟的带领下，先后到访各国。

麒麟以分享突破大师级的秘密、镇压野生宝可梦、合力解决神兽危机为诺，换取了各国的石板，至此，十八块石板全部掌握在麒麟手中。

另一边，林枫成功完成了能量融合，并获取了这个世界阿尔宙斯留下的最后一份礼物——传说石板。

在林枫新能力和石板的增幅下，他的宝可梦都可以短时间内突破大师级的限制，并压制神兽的神之力。

现世，青龙渐渐发觉到麒麟的异样，但麒麟已经得到了十八块石板以及两枚宝珠，他直接在燕京打开了究极之洞，唤出奈克洛兹玛，然后趁乱离开华国，先后前往各地去解除神兽们的封印。

虽然青龙、玄武灯四人已经突破到大师级，但仍然不是奈克洛兹玛的对手，当林枫从秘境中回归时，华国已经陷入一片火海。

林枫展露出传说石板，直接出手镇压了奈克洛兹玛，可不等他们松口气，全世界各地都同时爆发了神兽之乱。

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林枫分身乏术，最后世界各国先后被灭，众神齐聚华国，陈飞再次向林枫发出灭世和救世的邀请。

在被林枫拒绝后，众神直接血洗华国，为了改变结局，林枫多次动用时拉比的力量穿越时空。

他化身无名，直接回到了50年前。

林枫本想直接拿下当时化身麒麟的陈飞，但考虑到穿越时间有限，当时的陈飞仍受到系统的保护，当时的神兽危机迫在眉睫。

林枫只能装作对陈飞的阴谋一无所知，两人合作，逐一化解神兽危机。

在独自和裂空座激战时，时空之门打开，林枫只能消耗力量，先拿下草绿色宝珠，然后将裂空座传送到宇宙角落，紧接着便回归到现世，但发现依然无法扭转结局。

在尝试了七八种办法后，林枫意识到，拥有系统的陈飞时刻占据先机，单一的手段根本无法扭转结局，于是，他动用时拉比最后的能量，开始尝试借助陈飞的手段，在各个时空留下了锚点。

最后，在陈飞即将打开究极之洞的前夕，林枫提前赶到，将其带至东海之上，两人展开激战，陈飞败北。

落败的陈飞凭借两枚宝珠强行唤醒盖欧卡和固拉多，想要逆转局势，但林枫早就之前的时间线收服了裂空座，三枚宝珠让三只神兽同时回归原始形态，然后展开大战。

陈飞见两只神兽不敌，再次打开究极之洞，唤出奈克洛兹玛。

但此前林枫已经将计就计，让白虎在卷入究极之洞后，定位了奈克洛兹玛的位置，然后让多个究极之洞空间叠加，一旦陈飞再次开启，沉睡的奈克洛兹玛就会落入别的空间，无法找寻其踪迹，让陈飞的计划落空。