嘉靖二十九年春间，张居正请假回江陵一次。当张居正回京的时候，正好遇上了着名的庚戌之变。

明嘉靖二十九年（1550年）六月，鞑靼土默特部领袖俺答汗率军犯大同。大同总兵仇鸾重赂俺答，请求勿攻大同，移攻他处。明世宗即拜仇鸾为大将军，节制诸路兵马。兵部尚书丁汝夔请问严嵩如何战守？严嵩说塞上打仗，败了可以掩饰，京郊打仗，败了不可掩饰，俺答不过是掠食贼，饱了自然便去。因而丁汝夔会意，戒诸将勿轻举。诸将皆坚壁不战，不发一矢。于是俺答兵在城外自由焚掠，凡骚扰八日，于饱掠之后，得到明朝通贡的允诺，仍由古北口退去。因这年是庚戌年，史称“庚戌之变”。

整个庚戌之变期间，“诸州县报所残掠人畜二百万”。其后明世宗追究责任，兵部尚书丁汝夔作为严嵩、仇鸾一党的替罪羊而被处斩。

经过这一次变故，张居正彻底看清了大明朝的军备如何废弛，朝政如何败坏，嘉靖如何昏庸，严嵩如何误国。

张居正是翰林院官员，在明朝，翰林院是培育高级文官的摇篮，明代大学士均出自翰林，有所谓“非翰林不入内阁”的说法。但翰林院官员本身确实彻底的闲官，没有任何实权，做的都是寻章摘句的工作。

这一时期的张居正，看着朝局满心愤怒，但却无能为力。

嘉靖三十三年，张居正的同年进士杨继盛上疏揭露严嵩十大罪、五大奸。嘉靖皇帝为此大怒，认为这是“恣肆渎奏”，杨继盛在诏狱被廷杖一百。

在狱中，杨继盛创伤发作，于半夜苏醒过来，摔碎瓷碗，用手拿碎片割腐肉。肉被割尽，筋挂膜，他又用手截去。为他持灯的狱卒颤抖欲坠，杨继盛却意气自如。友人王西石托人送给杨继盛一副蛇胆，告诉他：“用此物可以止痛。”杨继盛收入袖中。一位苗姓校尉也送酒一壶，劝他：“可以此吃蚺蛇胆。”但杨继盛拒绝，曰：“椒山自有胆，何必蚺蛇哉！”

朝审时，观看杨继盛的人堵塞了道路，都非常叹息，甚至为他哭泣。后来杨继盛在西市被处斩，史载“天下共冤之”。

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张居正看着这一切，第一次感到了?畏惧。他在《蒲生野塘中》一诗中抒发了自己的心境：

蒲生野塘中，其叶何离离。秋风不相惜，靡为泉下泥。四序代炎凉，光景日夕驰。荣瘁不自保，倐忽谁能知。愚暗观目前，达人契真机。履霜知水凝，见盛恒虑衰。种松勿负垣，植兰勿当逵。临市叹黄犬，但为后世嗤。

诗词中，张居正表达了自己的压抑和恐惧。他怨恨那些掌握朝政的奸臣，想要匡君辅国，挽救朝政。但是他很清楚，自己什么也不可说。在政治斗争激烈，凶险万分的朝局中，自己就像野塘中的水草一样脆弱，自己“荣瘁不自保”，只能闭嘴沉默。

如果开口，夏言、杨继盛，就是自己的下场。

张居正的文集中有《拟西北有织妇》一诗，大致为嘉靖三十二或三十三年所作：

西北有织妇，容华艳朝光，朝织锦绣段，暮成龙凤章。投杼忽长吁，焉中自伤。绵绵忆远道，悠悠恨河梁，远道不可见，泪下何浪浪！春风卷罗，明月照流黄，山川一何阻，云树一何长。安得随长风，翩翻来君傍，愿将云锦丝，为君补华裳。