在南美洲，最发达、复杂的种族是印加人。在盖丘亚语中，“印加”的意思是“上帝”或“统治者”。印加文明在鼎盛时期由上千万人组成，它是新世界最大的前哥伦布时期帝国。最早的印加人出现在秘鲁东南部，印加真正成为一个帝国是在1438年之后，这要归功于领袖帕查库蒂(Pachacuti)的领土扩张。
从12世纪开始，印加人用300年的时间，从一个规模不大但野心勃勃的山谷部落缓慢发展成了一个伟大的帝国。对印加起源最完美的重建（通过口头讲述的方式)详细描述了印加人如何诞生，创世神维拉科查和太阳神因蒂(Inti)如何塑造世界。
传说他们强大而孤独，在古老的村庄帕卡里坦普(Pacariqtambo)的一座名叫塔普-托科(Tampu T'oqu，意为“玻璃房子”)的山里有三个洞穴。在那里，印加人的祖先——四个兄弟和四个姊妹按照因蒂的旨意从地下世界出来，在这个地区繁衍生息。他们活着的目的就是陪伴这些兄弟姊妹的领袖曼科·卡帕克，按照旨意一路寻找，在一个富饶的家园为他修建庙宇。
传说是曼科·卡帕克太阳神的儿子。他的姐姐兼妻子玛玛·奥克略(Mama Ocllo)是月亮女神玛玛·基利亚(MamaKilla)的女儿。曼科、奥克略和他们的兄弟姊妹受到因蒂和维拉科查的派遣，去寻找合适的地方来创立一个帝国。当他们来到适宜的地方，他们所带的金手杖就会牢牢地插进地里——这是一个明确的信号。
经历了20年的游历，他们停在一座山的边缘，俯瞰着库斯科谷。此时，曼科把金手杖插进了地里。旅途中，每个兄弟姊妹扮演着不同的角色。抵达目的地时，他们各自遭遇了不同的命运：有的毁灭了，有的被落下了，有的被曼科变成了神圣的石头屹立至今。曼科、奥克略和剩下的兄弟姊妹粗暴地制服了他们发现的小部落，宣布统治这个地区，印加文明随之应运而生。
抛开神话传说，从现实的角度考虑，这八个象征性的先祖兄弟姊妹可能代表着帕卡里坦普不同部落的人，这些人分化成了不同的阿伊鲁(ayllus，社群)。阿伊鲁陪伴这几个兄弟姊妹寻找肥沃的土地，他们是第一批忠诚的印加人。
在曼科·卡帕克和他的兄弟姊妹抵达库斯科谷时，那里可能已经有很多不同的民族了。这些民族有时会互相斗争。这个地区有着强大的高地社会结构，按照社会阶层划分人群。库斯科谷位于两个更早出现的帝国——瓦里(Wari)和蒂瓦纳科(Tiwanaku，玻利维亚古帝国)的交界处。在1100年左右，瓦里文明历经多次严重干旱之后彻底崩塌。
这群名叫“印加人”的饥饿旅行者的到来，扰乱了这个安静山谷的和平和均衡状态，发动抢夺土地和水的资源战。当时这个地区的主要部落是当地的瓦拉(Hualla)、索西瑞(Sausiray)、安塔萨雅(Antasaya)和阿尔卡维萨斯(Alcavisas)，他们在1100年以前就来到了库斯科谷。
印加部落与库斯科谷这些部落斗争多年后才脱颖而出，同化了那些没有逃走的部落。语言和宗教的多元化常被视为对一个强大帝国不利的因素（因为它暗示着分裂）。所以印加文明崛起和对其他部落的同化过程中充满了暴力和血腥。
印加人从库斯科谷肥沃的土地获益。乌鲁班巴河(Urubamba River)和逐渐变暖的气候滋润着库斯科谷，让印加人获得丰硕的收成，不断积蓄力量发展壮大。逃离的部落留下来的道路结构和灌溉系统帮了印加人的忙，让他们在有所倚靠的前提下建立了一个全新的帝国。
印加帝国位于太平洋沿岸，横跨安第斯山脉，是美洲人口第二多的地区，印加人最早从公元1250年左右在秘鲁库斯科的首都开始扩张，并迅速吸收了邻近的部落。到15世纪30年代，他们占领了后世阿根廷，玻利维亚，智利，哥伦比亚，厄瓜多尔和秘鲁的部分地区。他们开发了广泛的道路系统，从后世的厄瓜多尔到智利，沿太平洋大部分海岸延伸4000多公里，控制着超过155万平方公里。将他们的帝国与首都连接起来，并开发了一种使用打结的绳索和绘画的书写形式。
印加帝国的许多城市建立在海拔4000米以上的安第斯山脉上。印加人铺设了四通八达的道路，攀山越岭，绵延数千里。他们十分重视道路养护，每隔一段间距都驻守有养路工，其发达的道路网络可以媲美罗马帝国，有效连接了整个庞大的印加帝国。
在哥伦布未到达”美洲新大陆“之前，同美洲其他帝国一样，印加人并没有带轴承、轮子的交通工具。他们生活在安第斯山脉上，故而在陡峭的山坡上修建了阶梯式道路，上下坡十分方便，虽然不利于轮子行驶，却非常适合行人，而且还能保证训练有素的印加军人快速行动。
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与罗马人一样，印加人也是高效的管理者。他们通过发达的道路系统，用接力的方式传递信息，即使相距千里，奔跑者们依次传递，也能快速将讯息送达。然而，印加人却没有自己的文字，他们靠使用彩色绳结来交流和记录信息，这种绳结被称为“奇普”，它以接力的方式传递信息。
印加人在陡峭的安第斯山脉上开垦出大片梯田，用于种植玉米、豆类、南瓜、藜麦和土豆等农作物。农民的收成仅能自留三分之一，统治阶层收走三分之一，还有三分之一纳入福利机构的公共粮仓，养活没有劳动能力的人口，这有些类似于欧洲的一些高福利国家的政策。巨大的公共粮仓堆满食物，以备不时之需。
统治者要求农民每月服劳役数天，建设公共工程，这一规定就是“米塔制劳役”。例如，农民用耐寒野草拧成粗绳，再建造成绳索桥，横跨湍急的冰河，连接两侧的山脉。作为回报，领主依据律法庇护农民，并在饥荒时期提供粮食等救济。
印加人崇拜太阳神，把黄金称为太阳的汗水。玛雅人和阿兹特克人在祭祀神灵时进行“人祭”，而印加人通常向神灵供奉食物、衣服和古柯叶。不过，在极其困难、紧急的时期，如地震、火山或灾荒时，他们也会用囚犯进行“人祭”。最终被选作“人祭”的往往是孩童，而且是精心挑选和喂养的儿童，因为印加人相信，这些孩子很快会解脱，进入更美好的来世。
中美洲和南美洲的玛雅文明、阿兹特克文明和印加文明，后来被统称为美洲三大古文明。相较之下，北美洲的土着文化因分布更为广泛、分散，并没有形成规模化大城市或社会组织。尽管玉米的种植已经传播到了北美洲，但当地许多土着人仍然以狩猎和采摘果实为生。而中南美洲则确确实实产生了文明，除了玛雅文明在欧洲人发现“新大陆”前就已经衰落，阿兹特克人和印加人彼时却在巅峰时期，可是在欧洲人面前，他们无论计谋还是武力都是十分的不堪。
西班牙人征服美洲有个奇怪的现象，征服较大规模的帝国相当容易，征服零散的部落却异常艰难：征服有500万人口，20万军队的阿兹特克帝国，用了600人，加上增援总共1千人左右，用了2年时间（1519-1521年）；征服有1000多万人口、20万军队的印加帝国，用了180人，算上路途只用了几个月的时间（1531年）；征服由小城邦国家和自治的社会共同体组成的玛雅地区，用了178年时间，近两个世纪；征服尚未进入文明社会的南美洲马普切部落，统治近300年，仍有武装抵抗。
这无疑得益于安第斯山脉的天然保护和马普切人的尚武精神和不屈意志，所以帝国一向先礼后兵，一手萝卜一手大棒，只要是还没有成为国家的部落，通过政治、经济、文化渗透，慢慢就能将对方同化，时机成熟了，自然就水到渠成，被纳入帝国的统治之内。
如果采取杀戮政策，那么就算占领了这些地方，没人种植、没人开矿、商品卖不出去，如何扩大统治范围，如何扩大农业生产、活跃商品经济，如何获得更多财富。相反，只要给予足够的好处，把实惠落到每个人身上，就算马普切人也一样愿意成为朋友。